La presenza militare fu decisiva per lo sviluppo economico dell’arcipelago e lo è ancora: oggi le attività militari conservano a ruolo economico di grande rilievo, con la Scuola Sottufficiali della Marina Militare Italiana a La Maddalena e con la base statunitense che ospita sommergibili a propulsione nucleare a Santo Stefano.

La crescita dell’importanza strategica de La Maddalena e il contatto con culture diverse spostarono progressivamente verso le attività marinare gli interessi dei maddalenini.

Molti impararono a navigare sulle imbarcazioni militari e alcuni sfruttarono per mare l’afflusso di commerci, praticando il contrabbando. Altri, sull’esempio di genovesi e campani, si dedicarono alla pesca e a metà dell’Ottocento altre esperienze e nuove conoscenze vennero anche da imbarcazioni greche, impegnate nella raccolta delle spugne nelle acque dell’arcipelago. Le barche da pesca fino ai primi decenni del 1900 provenivano quasi esclusivamente da cantieri campani ed erano di piccole dimensioni, mediamente 6-7 metri, con equipaggi di 5-6 persone: venivano utilizzate spagnolette, a prua dritta , feluche, tipiche barche ponzesi strette e lunghe, e i gozzi di Pozzuoli, più panciuti.

Aragoste e pesci di grosse dimensioni venivano pescati con i tra maglioni, con i “sinai” si pescava a fondo, per le occhiate si usava la “schietta”. I ponzesi usavano le nasse, costruite con canne, con giunchi, oppure con rami di mirto, diverse a seconda del tipo di catture a cui erano dedicate. Un ruolo importante per l’arcipelago e per tutta l’area delle Bocche di Bonifacio ebbe la pesca del corallo. Veniva fatta con l’ingegno, due travi di legno unite a croce con appesi spezzoni di rete, che, trascinato sulle secche rocciose, spezzava i rami di corallo che rimanevano impigliati nelle reti.

Si trattava di una tecnica distruttiva, oggi proibita, che comprometteva i banchi di corallo, distruggendoli completamente.

Nonostante l’aumento delle attività marine, i primi cantieri per riparare costruire imbarcazioni non nacquero, a La Maddalena, prima degli anni Trenta. Solo nel prima dopoguerra vennero compiuti alcuni tentativi, che si rivelarono improduttivi, di impiantare una tonnara. Prima nella zona di Cala Coticcio, a Caprera, e successivamente a Capriccioli in Costa Smeralda.