Non va dimenticato che i mari che circondano le isole maddalenine sono dei mari praticamente intatti e conservano una flora ed una fauna ittica ricca e variata. E' quindi possibile compiere delle splendide perlustrazioni dei fondali marini, dalle quali il turista può trarre delle sensazioni uniche, ed anche cimentarsi in battute di fotografia subacquea.

Nel mare dell'Arcipelago si può pescare tutta la gamma dei pesci mediterranei e sarà ancor più interessante andare in battuta su antichi gozzi locali realizzati a mano, avvalendosi di sistemi di pesca antichi e caratteristici.

L'isola di Caprera rappresenta il polmone verde dell'Arcipelago: qui è possibile trovare una flora intensa e multicolore, specialmente durante i mesi primaverili, formata da pini, lecci, mirteti, olivastri, ginepri, eriche, biancospini ed altre infiorescenze.

La fauna presente sulle isole è caratterizzata essenzialmente da gabbiani (fra cui il raro gabbiano corso), il gabbiano reale, la berta minore e la berta maggiore, le sterne, gli sparvieri, la poiana.